Tengo una duda respecto a la contabilización en contaplus en entidades con exención de IVA

Yo uso otro programa diferente, pero creo que al final todos funcionan de forma similar.
Para las empresas normales que presentan la declaración trimestral del Iva, son muy útiles esas herramientas de los programas de contabilidad, sobre todo porque te sacan los modelos de Hacienda directamente. Pero si no tienes que presentarlos, no entiendo muy bien por qué usas esa función, cuya configuración a veces es compleja porque dentro del programa funcionan de manera especial. Yo personalemte directamente no uso ninguna opción referente al Iva dentro del programa informático, directamnte lo ignoro, y el libro de facturas recibidas y emitidas lo llevo aparte del programa de contabilidad. Contabilizo todos los gastos con el iva incluido, en cada gasto correspondiente, y los ingresos sin iva repercutido. Igual que tampoco uso los listados de proveedores ni las herramientas para el control de efectos comerciales, u otras para el gasto de personal, con bases de datos conectadas, porque son cosas que no usamos, o bien es mucho más fácil una hoja de cálculo fuera del programa.
En términos de tiempo, muchas herramientas informáticas son como cuando es más caro el collar que el perro.
Un cordial saludo.

Buenos días José Antonio y gracias por contestar.
Yo en principio lo realizo también como tu dices, el problema me ha surgido cuando ahora vamos a realizar actividades exentas y otra que no esta exenta para recaudar fondos.
Entonces voy a tener que utilizar si o si las cuentas de iva de contaplus y usar prorratas y mi duda es como hacerlo para que queden registrados correctamente todas las operaciones (tanto en el libro de facturas del propio programa como en la contabilidad pura y dura del propio programa).
Un saludo.