¿En qué cuenta se contabilizan las pérdidas?

Estimada Isabel, tal y como planteas la cuestión, entiendo que la subvención otorgada inicialmente para la financiación de un proyecto no llega a cubrir los gastos del mismo.
Pues bien en ese caso no es necesario contabilizar ninguna pérdida ya que está ya está recogida por la contabilidad. Te pongo un breve ejemplo:
Recibimos una subvención de 1.000 euros para la financiación de un proyecto. En dicho proyecto hemos tenido gastos de personal por importe de 500 euros, por suministros por importe de 300 euros y hemos concedido ayudas monetarias por importe de 800 euros. De esta forma (y suponiendo que los ingresos han sido cobrados y los gastos pagados) tendriamos:
1.000 Bancos
a (725) Subvenciones oficiales… 1.000
MIentras por los gastos habrás contabilizado:
500 (623) Servicios de profesionales independientes
300 (628) Suministros
800 (650) Ayudas monetarias individuales
a Bancos 1.600
Aunque el coste del proyecto (1.600 euros) ha sido superior a la subvencion otorgada (1.000 euros), esa “perdida” (aunque yo no la denominaria como tal) ya está recogida en la cuenta de resultados que recoge unos gastos de 1.600 euros y unos ingresos de 1.000 euros.
Espero haberte servido de utilidad.
Recibe un cordial saludo
Enrique Rúa
Profesor de la Universidad CEU San Pablo

De mi consideración.
Isabel; el hecho de que el organismo que financia el proyecto, haya subvencionado el mismo en una cuantía inferior al coste real del mismo, no supone en principio que en contabilidad haya resultado una pérdida neta del ejercicio.
No obstante, si la Fundación lleva una contabilidad desagregada por proyectos, sí que resultará en ese proyecto un déficit, que puede ser enjugado por otros ingresos de la explotación calculados.
Si no obstante, no existen tales ingresos de la explotación que puedan compensar el déficit del proyecto, nos dará un resultado negativo de la explotación (primer tramo de la cuenta de resultados).
En el supuesto de que no existan resultados financieros positivos y/o resultados extraordinarios positivos (segundo y tercer tramo de la cuenta de resultados), se traduciría esa pèrdida de la explotación en una pérdida neta del ejercicio (VI. Excedente negativo del ejercicio, que se denomina desahorro).
Saludos.
luisbarato@wanadoo.es