¿Durante cuánto tiempo deben archivarse facturas de una entidad sin ánimo de lucro?

La pregunta es muy complicada. A efectos tributarios, la prescrición es de cuatro años, por lo que podríamos entender que bastaría con cuatro años. Ahora bien, tenemos que tener en cuenta que el inicio de la prescripción (el inicio de los cuatro años) es distinto en cada tributo y concretamente en los tributos sobre la renta (IRPF e Impuesto sobre Sociedades) se empieza a contar a partir de la fecha en que finaliza el periodo de declaración. Por otro lado, tenemos que tener en cuenta que hay muchas circunstancias por las que que se puede interrumpir la prescprición, reiniciándose de nuevo el plazo de cuatro años a partir de la fecha en que se entienda interrumpida la prescripción.

Por otro lado, si la entidad tiene bases imponibles negativas a compensar, la cuestión se complica mucho más, pues está consolidándose una corriente jurisprudencial que indica que en el caso de compensación de esas bases imponibles negativas (el periodo de compensanción puede llegar a 15 años) se pueden revisar (con matices) los ejercicios en los que se originaron esas bases negativas.

Por último, fuera de la legislación tributaria, en el ámbito mercantil existe la obligación de conservar las facturas durante 6 años (artículo 30 Código de Comerio); en la normativa específica de las entidades sin fin de lucro no existe ningúna previsión al respecto (al menos no la conozco). Entiendo que podría considerarse que este plazo de 6 años podría ser de aplicación á todas las entidades que tengan que llevar contablidad ajustada al Plan General Contable (o a sus adaptaciones), y a estos efectos tanto a las fundaciones como a las asociación, como sujetos pasivos del Impuesto sobre Sociedades, les incumbe esa obligación.

En conclusión, la cuestión es compleja y dependerá también de las circunstancias concretas de cada entidad, sobre todo de sus circunstancias fiscales. En todo caso, más vale pecar por exceso que por defecto.

Saludos.