Baja medica

Buenas tardes; actualmente me encuentro trabajando en dos asociaciones en una presencialmente 23h y en otra 10h pero teletrabajando en horario de tarde.
Ahora mismo estoy recién operada y en situación de reposo aunque trabajo desde mi casa porque en mi trabajo presencial mi jefa no quería que pidiera la baja ya que al estar contratada por una subvención, o bien me tiene que sustituir o bien devolver el dinero porque las subvenciones no cubren las bajas.
La cuestión es que ahora mi jefa al cabo del mes me dice que cual es mi situación y que si en la próxima revisión el día 28 de octubre el médico no me ve para reincorporarme que igual debería pedir baja
Y mi consulta es si se puede pedir baja para una asociación y para la otra no,ya que con la que teletrabajo no hay ningún inconveniente ni problema en continuar con mi situación actual
Gracias