¿Una gratificación extra a un trabajador autónomo debe llevar aplicado el IVA y la retención del IRPF?

En principio sí, pues lo normal es pensar que también es una retribución (por incentivos) de su actividad profesional, salvo que se justifique que esa gratificación es totalmente ajena a la actividad profesional.

Saludos.

Juan González Martín-Palomino.