¿Una fundación puede registrarse en Madrid aunque tenga operativa nacional?

Hola, Mónica. En condiciones normales te diría que si es de ámbito nacional acudas al nacional pero dada la absoluta y kafkiana parálisis del Registro de Fundaciones y no quieres tardar más de un año… acude al autonómico donde lo harás en plazos normales. Y puedes actuar en todo el mundo, aunque el ámbito sea principalmente autonómico. Y cuando funcione el nacional, modificas estatutos y la haces nacional.
Sobre el tema de la dotaciónn dependerá de cada protectorado el que te admitan unas cosas u otras, es subjetivo. No se sigue un criterio único, ni en el mismo protectorado. Penoso, pero cierto.