¿Tenemos obligación de presentar el IS?

Hola:

Somos una ONG constituida en Mayo de 2016. En julio de 2017 solicitamos el certificado para estar al corriente de pago de las obligaciones tributarias, y en el mismo, emitido el 27 de julio de 2017 se “CERTIFICA: Que conforme a los datos que obran en la Agencia Tributaria, el solicitante arriba referenciado se encuentra al corriente de sus obligaciones tributarias de conformidad con lo dispuesto en el artículo 74.1 del Reglamento General de las actuaciones y los procedimientos de gestión e inspección tributaria y de desarrollo de las normas comunes de los procedimientos de aplicación de los tributos, aprobado por el Real Decreto 1065/ 2007, de 27 de julio”.

Sin embargo, ahora, al pedir un nuevo certificado para estar al corriente de pago el mismo, especifica que tenemos pendiente y fuera de plazo la presentación de IS de 2016 “CERTIFICA: Que conforme a los datos que obran en esta Unidad para el solicitante arriba referenciado, con respecto a las declaraciones o autoliquidaciones cuyo plazo reglamentario de presentación venció en los doce meses precedentes a los dos meses inmediatamente anteriores a la fecha de solicitud del certificado, no consta que haya presentado las correspondientes a los conceptos que se detallan a continuación:
MODELO EJERCICIO PERÍODO
DECL. ANUAL DEL I.S.S 2016 0A”

Estamos un poco perdidos porque la información nos resulta algo contradictoria. Además, habíamos asumido que no teníamos obligación de presentar el IS, dado que nuestros ingresos por cuota del 2016 ascienden a 700€, y, según esto, ahora nos encontramos incluso fuera de plazo.

¿Qué debemos hacer en esta situación?

Gracias.