¿Si nuestra asociación está inscrita a nivel nacional es necesario inscribirla en el Registro de Andalucía?

En principio, no es necesario, ya que en aplicación de la normativa vigente:

Real Decreto 949/2015, de 23 de octubre, por el que se aprueba el Reglamento del Registro Nacional de Asociaciones.
Artículo 32. Colaboración con otros registros de asociaciones.
1. El Registro comunicará a los registros autonómicos la apertura de delegaciones o establecimientos dentro de su territorio por asociaciones de ámbito estatal o extranjeras inscritas en el mismo.
2. El Registro facilitará a los registros autonómicos y especiales la información que le soliciten para el ejercicio de sus respectivas funciones registrales.