Si nuestra acción es autonómica ¿deberíamos estar registrados solo a este nivel? ¿cómo nos damos de baja del registro nacional?

Depende de vuestros estatutos e inicial registro. Si es de ámbito nacional se registró ante el correspondiente protectorado del Ministerio.
Si vuestra actividad se realiza solo en vuestra comunidad puede ser lógico el cambio, aunque podríais seguir siendo “nacional”.
Si quereis cambiar hay que decidirlo en el patronato, efectuar modificación de estatutos, elevarlo a escritura pública y comunicarlo al ministerio. El notario lo comunicará al registro autonómico.