¿Sería posible unificar estas asociaciones, una de acción social y otra de cooperación al desarrollo?

Descartando la posibilidad de constituir una asociación de segundo grado (una nueva federación), tenéis 2 opciones de fusión:
a.) Constituir una nueva asociación por la fusión de las dos asociaciones, sin que una absorba a la otra.
b.) Fusionar las asociaciones, de forma que una absorbe a la otra.

Imagino, que lo que os interesa es la opción b.), y que la asociación más antigua (1999) absorba a más reciente.

En ese caso, encontraréis la información completa en la sección Inscripción de fusión de asociaciones del Ministerio de Interior.

• Solicitud o instancia dirigida a la Secretaría General Técnica del Ministerio del Interior, Registro Nacional de Asociaciones. (C/ Amador de los Ríos, 7 – 28010 Madrid) formulada por el representante de la asociación absorbente , en la que figuren los datos de identificación del solicitante; la denominación y los números de inscripción de las asociaciones afectadas; la descripción de la documentación que se acompaña, la petición que se formula, lugar, fecha y firma del solicitante.
• Actas de las asambleas generales de las asociaciones afectadas en las que consten los respectivos acuerdos de fusión y sus fechas de aprobación. Deberá constar que la fusión se ha aprobado conforme a los requisitos que para la adopción de acuerdos establecen los estatutos.
• Tasas: debe acompañarse la hoja “Ejemplar para la Administración” del impreso de autoliquidación 790, validado por cualquier entidad bancaria, justificativo de haber abonado al Tesoro Público la tasa legalmente establecida. Sólo se abonará tasa si hay modificación de Estatutos en la entidad absorbente. En este caso, consultar en el apartado modificación de estatutos. Eso es interesante, puesto que hay diferente énfasis en la misión y objetivos de las asociaciones (una de acción social y otra de cooperación al desarrollo), y probablemente os interesará modificar los estatutos de la asociación para incluir también los de la entidad absorvida.