¿Se puede expulsar a una entidad de una Federación sin haberle comunicado en qué se basa la junta directiva de la federación para tomar la decisión?

Es un tema delicado.
Deben de tener presente, que tal y como recoge la jurisprudencia, un «Acuerdo de expulsión, válidamente adoptado, es una manifestación del derecho de asociación» (STC 218/1988).
Así, que en cuanto a su consulta sobre el procedimiento seguido y su transparencia, sin entrar a valorar el mismo, les recuerdo que toda asociación en este caso, su federación se rige por sus estatutos y reglamentos internos, lo cuales deben recoger los procedimientos de adhesión, baja y expulsión de sus asociados.
Deben, por tanto, comprobar si el proceso de expulsión ha sido de acuerdo a sus propias normativas.

Por otra parte, la ley de asociaciones del 2002 establece entre las Obligaciones documentales y contables (art. 14.1 y 14.2.), que «las asociaciones han de (…) recoger en un libro las actas de las reuniones de sus órganos de gobierno y representación. (…).» y que «los asociados podrán acceder a toda la documentación que se relaciona en el apartado anterior, a través de los órganos de representación, en los términos previstos en la Ley Orgánica 15/1999, de 13 de diciembre, de protección de datos de carácter personal.»
Y en cuanto a los Derechos de los asociados (art. 21.c y 21.d.): se recoge el derecho «a ser oído con carácter previo a la adopción de medidas disciplinarias contra él y a ser informado de los hechos que den lugar a tales medidas, debiendo ser motivado el acuerdo que, en su caso, imponga la sanción.» y «a impugnar los acuerdos de los órganos de la asociación que estime contrarios a la ley o a los Estatutos.»

En base a eso, podrán resolver cómo actuar:
Procuren una solución dialogada, pero si no es posible, y si consideran, que el proceso de expulsión incurrió en violación de sus normas internas, o de lo establecido en la Ley, cabe la posibilidad de impugnar esa decisión de expulsión ante los Tribunales.

Pero antes de tomar una decisión en ese sentido, les reitero que no olviden, que si bien las asociaciones no forman «una zona exenta del control judicial», los Tribunales, como todos los poderes públicos, «deben respetar el derecho de autoorganización» (STC 218/1988) de aquéllas. De suerte que si se impugna ante los órganos judiciales la expulsión de un socio, por causa prevista en los Estatutos de la Asociación, los Tribunales habrán de aplicar en primer término, siempre que no sean contrarios a la Constitución y a la ley, dichos Estatutos.

Un cordial saludo,
Álvaro Ortega Santos