¿Qué puede hacer un secretario ante este tipo de situación?

Si el Secretario es miembro de la asociación, su expulsión deberá llevarse a cabo por los trámites previstos en los estatutos o el reglamento de régimen interior.
Si el secretario no es miembro de la asociación, se podrá revocar su cargo, por un acuerdo de la asamblea de socios (o del órgano que dispongan los estatutos o el reglamento de régimen interior) debidamente convocada al afecto.
En cualquier caso, las reuniones que se han celebrado sin haberte convocado, en principio podrían ser impugnadas.
En cuanto a las cuestiones que se plantean de cuentas y gestión, en principio, tampoco son facultades exclusivas del secretario. La gestión ordinaria de una asociación corresponde a la Junta directiva u órgano que establezcan los estatutos. La formulación de cuentas corresponde al presidente; y su aprobación a la asamblea general de socios. De manera que esas irregularidades difícilmente se podrán achacar únicamente al secretario, cuyas funciones son más de custodia de documentación y de fedatario de los acuerdos.
Saludos