¿Qué hay que hacer en caso de que ocurra algo a los padres de usuarios que nos ayudan en las obras de las instalaciones de la ONG?

Dado que esa actividad puede considerarse voluntariado, sería de aplicación la Ley Estatal de Voluntariado (L 6/96) que en su art. 8.2.b obliga a la entidad de tener en vigor una póliza de seguro, adecuada a la actividad del voluntariado, que cubra a los mismos de riesgos de accidente y enfermedad derivados de su actividad.
Por tanto, os recomiendo que reviséis vuestra cobertura de seguro para ver si ya tenéis cubierta esta contingencia, y si no es así, tendréis que contratarla para esa actividad durante el tiempo que dure.

Como bien dicen en la anterior respuesta un seguro de accidentes/enfermedades para los voluntarios es obligatorio según ley, pero si revisas las pólizas que tengas contratadas, la de responsabilidad civil puede que te garantice los daños a terceros durante la realización de obras menores o de acondicionamiento en locales destinados a la actividad de la ong/fundación.