¿Qué formato (honorarios, IVA..) debe tener la factura de un colaborador extranjero trabajando de freelance en un proyecto internacional de la ONG?

IVA o exenta de IVA
LIVA art. 69 y 70
Dando por supuesto que el colaborador Uruguayo solamente ejerce su actividad en ese pais, la Ley del IVA establece que la prestación del servicio se entiende localizada fuera del territorio de aplicación del impuesto. Lo que termina derivando en que la operación no está sujeta al IVA.

¿Lleva algún tipo de retención (IRPF)?
Por lo mismo que antes, se trata de un colaborador extranjero, que tiene su residencia en Uruguay, y por tanto no sujeto a normas tributarias españolas. No lleva ningún tipo de retención.

Elementos que debe incluir la factura
La legislación tributaria española establece un contenido mínimo para que un documento sea considerado como factura.
RD 2402/1985 art. 3 redacc RD 1966/1999 disp.final 1ª.1.a)
Contenido de las facturas
La Fra. debe contener los siguientes datos como mínimo:
- Número y, en su caso, serie
- Nombre, apellidos o denominación social, número de identificación fiscal y domicilio, tanto del expedidor como del destinatario
- Descripción de la operación y contraprestación total (“...al menos la descripción genérica del o de los servicios que constituyen el objeto de la operación, con el detalle suficiente para poder efectuar la correcta determinación de su naturaleza, cuantía..” DGT 16-7-86)
- Lugar y fecha de emisión


Espero que te sea de utilidad
Saludos

Estoy de acuerdo con la contestación de Antonio Alarcón. Me parece una excelente respuesta.

Únicamente recordar por si fuese de aplicación en futuras ocasiones que existen convenios de doble imposición internacional firmados entre España y otros países (no Uruguay), que pueden determinar obligaciones tributarias sobre rentas que se produzcan entre estos países.