¿Qué debo hacer para obtener un certificado de exención de sociedades y de transmisiones patrimoniales?

Buenas tardes.

El asunto es algo mas complejo.
Tu ONG debe liquidar y presentar el IS, y aplicar al liquidarlo las deducciones que procedan. Posiblemente no tendras que pagar nada, pero debes cumplir la obligacion y cumplirla bien, pues de lo contrario te sancionaran.

En cuanto a transmiiones patrimoniales, una vez realizada la adquisicion de algun bien sujeto a este impuesto, pues igual que antes. Debes liquidarlo aplicar las deducciones que procedan y presentarlo, y por supuesto si te equivocas o lo presentas fuera de plazo ó mal confeccionado te podran sancionar.

En los ultimos tiempos Hacienda tanto la estatal como la de las Comunidades Autonomas, esta por no pasar ni una, y a la minima te sancionan. En definitiva lo que pretenden es recaudar.

Saludos.

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Perdona, olvide decirte que Hacienda no da certificados de exencion de impuestos (al menos yo no los he visto nunca), lo que hace es que en el censo de obligaciones de tu ONG, que mantiene y administra, tiene marcadas las exenciones y regimenes tributarios a los que tu ONG esta sujeta.

No obstante lo anterior, para el IVA si es precisa solcitar la exencion y que te la conceden, ya que esta Ley exige que sea rogada.

Si precisas acreditar la exencion ante terceros, en IVA sera con la carta de concesion, y en IS con el 036.

La exencion para transmisiones no se puede acreditar ante terceros, solo se aplica, y una vez aplicada la administracion estudia si es correcta. Si considera que no es correcta te llamara para inspeccionar el hecho imponible, y si considera que es correcta se callara.
En nuestro derecho tributario no existe un regimen de autorizacion previa para la exencion (salvo en IVA), si no que cada sujeto, estudia su situacion y la aplica, y luego la administracion tras su estudio se pronuncia, siendo el silencio la prueba evidente de que la liquidacion fue correcta.

Saludos.

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De mi consideración
El régimen fiscal privilegiado de la Ley 49/2002, no opera automáticamente sino que hay que instarlo ejercitando el derecho de opción a que se refiere el artículo 1 del Reglamento para su aplicación, aprobado por Real Decreto 1270/2003, de 10 de octubre.
Para ello hay que acreditar:
1º.- Que la entidad reviste la naturaleza jurídica de fundacion, o de asociación declarada de “utilidad pública”, o de organización no gubernamental para el desarrollo.
2º.- Que cumple o que va a cumplir los 10 requisitos establecidos para ello en el artículo 3 de la Ley 49/2002.
3º.- Comunicar la opción por dicho régimen a la Administración tributaria mediante una declaración censal ajustada al modelo 036.
Una vez comunicada en los términos expresados la opción por dicho régimen, opera la presunción de que la entidad tiene derecho a disfrutar del régimen tributario de la Ley 49/2002, con los eectos de exención total por el Impuesto de Sociedades por las rentas y explotaciones económicas señaladas en los artículos 6 y 7 de la Ley 49/2002, y en caso de rentas o explotaciones econón¡micas no exentas, tributar al tipo reducido del 10%.
Para hacer valer la exención por el Impuesto sobre Transmisions Patrimoniales y Actos Jurídicos Documentados, cada vez que se incida en el hecho imposible del impuesto, debe presentarse con la autoliquidación del mismo un certificado vigente expedido por la Administración Tributaria en el que debe constar que la entidad ha comunicado a la misma la opción por el régimen fiscal especial de la Ley 49/2002. Este certificado lo expide la propia Administración Tributaria, y tiene una vigencia anual, es decir que hay que renovarlo todos los años.
Con este certificado, presentándolo en los bancos es suficiente para que no nos retengan el impuesto por los rendimientos del capital (intereses, etc).
Aparte de los impuestos citados, la entidad también estará exentoa por los tributos locales tales como el IAE el Impuesto sobre el IVTNU, y el el IBI (este último por los inmuebles que la entidad destine al cumplimiento de fines o donde desarrolle su actividad para ello.
Para disfrutar de dichas exenciones hay que solicitalas al Ayuntamiento donde esté ubicado el inmueble. Para el IAE basta la presentación de la declaración censal 036, pero hay que darse de alta en la matricula del impuesto por la actividad a realizar.
Por último, señalar que la aplicación del régimen fiscal privilegiado de la Ley está condicionado al cumplimiento en todo momento de los 10 requisitos del artículo 3 de la Ley, a los que antes he hecho referencia.
Saludos