¿Pueden convocarse en Asamblea Extraordinaria las elecciones de la Junta directiva, unos meses antes del vencimiento de su mandato?

La pregunta es demasiado imprecisa para poderla contestar con precisión. La convocatoria de elecciones debe estar regulado en los Estatutos de la entidad y también en el Reglamento de Regimen Interno, si es que existe.
Por ello, las causas de convocatoria de elecciones deberá ajustarse a lo precisado en esos documentos. No se trata de que la Junta Directiva esté de acuerdo, sino de que exista alguna de las causas previstas allí, que suelen ser, entre otros
a) termino del mandato (que no parece ser el caso)
b) dimisión o renuncia (también ausencia, enfermedad o muerte) del presidente/a o de un número determinado o porcentaje de miembros de la directiva. Es decir, cese a petición propia
c) Pérdida de la condición de socio del presidente/a y miembros
d) resolución judicial declarando nulas las elecciones anteriores
e) Moción de censura

Si se trata del apartado b), no basta en mi opinión con que estén de acuerdo, sino que deben dimitir formalmente (por escrito), seguir desempeñando los cargos en funciones y desde esa condición convocar elecciones en el plazo más breve posible.