¿Puede una asociación estar dada de alta en dos ayuntamientos?

En cuanto a lo de los registros, la entidad puede estar registrada en varios registros municipales a la vez, no hay ningún problema. Lo que seguramente pedirán en cada uno de ellos es una dirección de contacto en su término municipal.
Dicho esto, el docimilio social de una entidad es único, pero las delegaciones que pueda tener no tienen límite. Eso sí, la apertura de cada nueva delegación debe ser comunicada al registro autonómico donde esteis inscritos.

Hola Virginia, yo trabajo en una Asociación de la provincia de Córdoba (de la de España), y por aquí, cada vez que se cambia de Junta directiva, se tiene que reflejar mencionado cambio en el libro de actas. Posteriormente, hay que comunicar a los registros oficiales en los que estéis inscritos el cambio (Ayuntamientos, Diputaciones, Comunidad Autónomas). En algunos casos, en función de la entidad, con una copia del acta y una instancia es suficiente, en otros casos hay que comunicar el cambio de representantes mediante un impreso de la entidad a la que se va a presentar.

En cuanto a figurar en el registro de distintos Ayuntamientos, entiendo que siempre debes de estar inscrita en el registro de Asociaciones del Ayuntamiento del domicilio social de los Estatutos, posteriormente, podéis inscribiros también (no es excluyente), en el de otras poblaciones dónde desarrolléis la actividad.

Lo mejor es que te pongas en contacto con el responsable del registro de asociaciones del ayuntamiento en cuestión, y que te indique qué documentación precisas.

Espero que te resulte de ayuda