¿Puede la Junta Directiva cambiar el domicilio social de una asociación?

No es posible:
debes de tener en cuenta, que un cambio de domicilio supone una enmienda estatutaria, y ésta sólo es posible aprobarla si viene validada por una asamblea de socios:

“Artículo 12. Régimen interno.

Si los Estatutos no lo disponen de otro modo, el régimen interno de las asociaciones será el siguiente:
(...)
Los acuerdos de la Asamblea General se adoptarán por mayoría simple de las personas presentes o representadas, cuando los votos afirmativos superen a los negativos. No obstante, requerirán mayoría cualificada de las personas presentes o representadas, que resultará cuando los votos afirmativos superen la mitad, los acuerdos relativos a disolución de la asociación, modificación de los Estatutos, disposición o enajenación de bienes y remuneración de los miembros del órgano de representación.”

Estimado Alejandro: en relacion con la consulta planteada, a paso a exponerte lo siguiente:
tal como señala mi compañero Alvaro, no es posible que la Junta Directiva de vuestra entidad pueda cambiar el domicilio social, cuando en vuestros estatutos viene contemplado como competencia de la Asamblea General. Para que se pudiera llevar a cabo la pretension de tu consulta, tendria que efectuarse una modificacion de los Estatutos conforme al articulo 16 de la Ley Orgçanica del Derecho de Asocacion, de 2002, a cuyo tenor, Artículo 16. Modificación de los Estatutos.
1.La modificación de los Estatutos que afecte al contenido previsto en el artículo 7 requerirá acuerdo adoptado por la Asamblea General convocada específicamente con tal objeto, deberá ser objeto de inscripción en el plazo de un mes y sólo producirá efectos, tanto para los asociados como para los terceros, desde que se haya procedido a su inscripción en el Registro de Asociaciones correspondiente, rigiendo para la misma el sentido del silencio previsto en el artículo 30.1 de la presente Ley.
Asimismo, conforme al art. 12.d., de dicho texto legal,�Los acuerdos de la Asamblea General se adoptarán por mayoría simple de las personas presentes o representadas, cuando los votos afirmativos superen a los negativos. No obstante, requerirán mayoría cualificada de las personas presentes o representadas, que resultará cuando los votos afirmativos superen la mitad, los acuerdos relativos a disolución de la asociación, modificación de los Estatutos, disposición o enajenación de bienes y remuneración de los miembros del órgano de representación�.
En suma, para la modificacion de los Estatutos, al estar incluida la misma dentro del art. 7 de la Ley Organica del Derecho de Asociacion, de 2002, ya que se trata del cambio de domicilio social, se necesitara una mayoria cualificada por parte de la Asamblea General, a efectos de poder trasladar el cambio de domiciliosocial a la Junta Directiva de vuestra entidad.
Cosa bien distinta es que no existiera normativa especifica en materia de asociaciones sobre este supuesto que planteas, en cuyo caso, de forma analogica podria plantearse la aplicación de la LRSL a este caso.
Un cordial saludo.
Rafael Perez Castillo.
rperezcastillo@gmail.com