Por dar de alta a la organización en el IAE, ¿estamos necesariamente sujetos al IS, incluso en el caso de que no vayamos a facturar?.

Efectivamente. En el momento que estes dado de alta en el IAE tienes obligación de presentar anualmente el Impuesto de Sociedades. Lo que tienes que tener en cuenta que en el impuesto de sociedades solo tendras que tributar por aquellos ingresos ajenos a la actividad normal de la organización, es decir aquellos que se consideran actividades empresariales (si tienes actividad comercial por ejemplo).

En primer lugar, a las entidades sin ánimo de lucro son personas jurídicas y por tanto, están sujetas al Impuestos sobre Sociedades desde el momento de su constitución en el régimen de parcialmente exentas.
Por lo que, aunque no tengamos facturación o no se den de alta en el IAE es necesario presentar la declaración( de las cuotas de socios, subvenciones, donaciones, etc) dependiendo de la legislación que le sea aplicable:

a) La Ley 49/2002 de Mecenazgo(fundación, asociaciones declaradas de utilidad pública, etc) tiene obligación de presentación(rentas exentas y rentas no exentas) y liquidación(solo se incluyen las rentas no exentas) del Impuesto sobre Sociedades.

b) La Ley 43/1995 que si cumplen los siguientes requisitos, establecidos en el Art.142.3, no tendrán obligación de presentación(rentas exentas y no exentas) del Impuesto sobre Sociedades y de liquidación (rentas no exentas). Todo ello, aplicable a los períodos impositivos iniciados en el 1-1-2002, puesto que anteriormente si todas las rentas obtenidas eran exentas no existía la obligación de presentación.
El Artículo 142.3 Ley 43/1995 establece que:
“Los sujetos pasivos a que se refiere el capítulo XV del título VIII de esta ley estarán obligados a declarar la totalidad de sus rentas, exentas y no exentas.
No obstante, los citados sujetos pasivos no tendrán obligación de presentar declaración cuando cumplan los siguientes requisitos:
1) Que sus ingresos totales no superen 100.000 euros anuales.
2) Que los ingresos correspondientes a rentas no exentas sometidas a retención no superen los 2.000 euros anuales.
3) Que todas las rentas no exentas que obtengan estén sometidas a retención.”
Otra cosa es, que además, su entidad realice actividades empresariales, es decir, actividades económicas, para las que necesita darse de alta en el IAE epígrafe 9822 Tómbolas y Rifas autorizadas, que es entonces, cuando dependiendo de nuevo de la legislación que le sea aplicable, deberá incluirla y liquidarla en el Impuesto según lo establecido en letra a) y b).
Por lo que parece desprenderse de su consulta es una entidad no sujeta a la Ley de Mecenazgo, sujeta por tanto, a la Ley 43/1995 del Impuesto sobre Sociedades y deberán considerarlas como explotación económica no exentas.
La única explicación que puede tener que la Administración de Tributaria les dijera esto es porque se dieron de alta en este epígrafe 9822 antes 19 de julio del 2003, puesto que con anterioridad a esta fecha, al ser una explotación económica no exenta era obligatorio presentar la declaración del Impuesto sobre Sociedades.
Desde el 19 de Julio de 2003 se modifica con efecto retroactivo, esta obligación para los períodos impositivos que comiencen el 1-1-2002 no estando obligados a presentarlo si cumplen los requisitos del Artículo 142.3 Ley 43/1995 enunciados en la letra b).
Esta respuesta no es vinculante