¿Los ingresos obtenidos por nuestros servicios de psicología y logopedia deben tributar en el IS?

Los ingresos, tomados individualmente, no tributan en el Impuesto de Sociedades, la tributación se establece sobre el resultado final de la empresa, en este caso asociación, que se obtiene del Balance y de la Cuenta de Resultado y ahí es donde esos ingresos deben estar integrados junto con otros si los hay y menos los gastos, que también los habrá.
Una vez claro lo anterior, en la propia liquidación del impuesto hay un apartado para efectuar las correcciones al resultado, que en el caso de las Asociaciones son las casillas 391 y 392 (en el IS 2011) y que recogen las particularidades del régimen fiscal de las entidades sin fines lucrativos (ley 49/2002). Esto significa que aquellos ingresos y gastos relacionados directamente con la actividad de la asociación y que no impliquen una actividad económica quedarían fuera de esa liquidación, con lo que el resultado contable y el fiscal pueden ser muy diferentes.
Por último, hablas de unos tratamientos de psicología y logopedia por los que los familias pagan mensualmente. Hay varias maneras de hacerlo y según los casos puede que sí, que estén exentos, o puede que no:
Si es una actividad que prestáis en las mismas condiciones que cualquier otra clínica o gabinete psicológico, entiendo que no deberían quedar exentos pues se puede entender que hay una actividad económica.
No es lo mismo si se trata de una participación de los usuarios / beneficiarios en el coste del servicio. Es decir, que se trata de un servicio gratuito, sufragado por la Asociación gracias a sus propios fondos, a las donaciones de socios, prestado por voluntarios, y en el que la aportación de las familias sirve para minorar el coste.