¿Las asociaciones están exentas de pagar el IVA por operaciones bancarias?

Si estais obligados a soportar y pagar ese IVA. Estar exento de IVA solo significa que cunado tu expides una factura no repercutes el impuesto, pero estas obligado a soportarlo.

Por otro lado hay muchos bancos que no cobran por esos servicios. Yo diria que todos, solo que lo hacen con sus mejores clientes.
La solcuion es que negocies con tu banco y le amenaces con pasarte a la comeptencia. A la vez visita otros banco, proponle tu negocio y mira cual te conviene mas.

Saludos

Ese es uno de los pocos servicios por los que los bancos cobran IVA y la exención de ese impuesto es algo diferente, pero que no es al caso que preguntas.
Sobre si hay bancos que no cobran ese servicio, lo dudo, podrás negociar las condiciones y que la comisión sea menor, que se haga por envío de ficheros, cambiar la periodicidad de pagos, etc. y si consigues que no te cobren perfecto.
Hasta donde yo sé, la comisión tampoco es muy elevada y quizá por operativa, por saldos, vinculación de socios, etc., puedas conseguir algún beneficio que compense ese gasto.