¿La modificación de los estatutos se aplica al presente curso escolar o a partir del siguiente?

En principio las normas no pueden aplicarse con carácter retroactivo, y menos si perjudican a un interesado. Por ello, puede aplicarse a partir de la fecha en que sean aporbadas o a partir de (en vuestro caso) del curso siguiente.
Pero esa decisión debería haberse explicitado en el procedimiento de aprobación en la Asamblea. Si no se ha hecho ¿que hacer?.
Pues muy fácil:
1. Someter a aprobación en la junta directiva que dichos cambios entrarán en vigor en la fecha XXXXX
2. Hacer público dicho acuerdo
3. En la siguiente asamblea general, someter a ratificación el acuerdo tomado.

Este procedimiento es muy habitual para legalizar situaciones y acuerdos que debe tomar una directiva sin un mandato claro de Asamblea; dado que se somete a ratificación posterior del organo supremo, la asamblea, queda todo legal.
¡En mi opinión, claro! Espero que os sirva. ¡Ánimo con vuestra labor!