Factura con Recargo de Equivalencia y dos tipos de IVA

Hola, nuestra asociación cultural publica libros. A veces esos libros los enviamos por correo o mensajería. Una librería que nos ha comprado unos libros tiene recargo de equivalencia (RE) y tenemos que facturarle los libros (4% de IVA) + el envío por mensajería (21% de IVA). No sabemos muy bien cómo aplicar el RE con dos tipo de IVA diferentes. ¿Aplicamos el 0,5% de RE a la base imponible de los libros y el 5,2% de RE a la base imponible de la mensajería? ¿O tenemos que aplicar un solo tipo de RE?
Gracias y un saludo,