¿Existe algún registro de ONGD específico de la Agencia Catalana de Cooperación?

Es correcto, en el ámbito catalán existe un Registro de organizaciones no gubernamentales para el desarrollo que depende del Departamento de la Presidencia y está adscrito a la Secretaría de Relaciones Exteriores.

Si consultas la LEY 26/2001, de 31 de diciembre, de cooperación al desarrollo, verás que en la misma se crea el Registro de organizaciones no gubernamentales para el desarrollo de Cataluña con finalidades de información y responsabilización:

“Artículo 31
Registro de organizaciones no gubernamentales para el desarrollo

1. Se crea el Registro de organizaciones no gubernamentales para el desarrollo, en el que se pueden inscribir todas las entidades definidas por el artículo 30 que tengan sede social o delegación permanente en Cataluña. Este Registro tiene carácter público y se han de determinar por reglamento la forma de acceso al mismo y su funcionamiento.
2. Las organizaciones no gubernamentales para el desarrollo que quieran acceder a cualquier ayuda o subvención de las administraciones públicas que sea computable como ayuda oficial al desarrollo han de cumplir las dos condiciones siguientes:
a) Estar inscritas en el Registro de organizaciones no gubernamentales para el desarrollo, o en el de la Agencia Española de Cooperación Internacional.
b) Tener sede social o delegación y estructura permanente en Cataluña para asegurar la consecución de las finalidades estatutarias respectivas.”

Para más información, debes de consultar igualmente el DECRETO 109/2003, de 15 de abril, por el que se regula el Registro de organizaciones no gubernamentales para el desarrollo previsto en la Ley 26/2001, de 31 de diciembre, de cooperación al desarrollo.
http://www.gencat.net/diari_c/3870/03097026.htm