Estamos registrados en el registro nacional de asociaciones y queremos registrarnos también en el de la Comunidad de Madrid, ¿es esto posible?

No es posible inscribir una asociación nacional en un registro autonómica.

Pueden crear una asociación filial, contituyendo así una federación.

O sino, crear una delegación. Ante el Registro Nacional, el procedimiento viene detallado en http://www.mir.es/SGACAVT/asociaciones/inscripcion/establecimientos.html
Como entidad de ámbito nacional, no deben darse de alta en un registro autonómico, ya que es el registro nacional quien le informará al registro autonómico de la apertura de la delegación.

Estimada Rebeca: en relación con tu consulta, paso a exponerte lo siguiente: en primer lugar, es de aplicación al objeto de la misma los artículos 25, 26 y 28 la Ley 1/2002, reguladora del Derecho de Asociación:
Artículo 25. Registro Nacional de Asociaciones.
1. El Registro Nacional de Asociaciones, cuya dependencia orgánica se determinará reglamentariamente, tendrá por objeto la inscripción de las asociaciones, y demás actos inscribibles conforme al artículo 28, relativos a:
a) Asociaciones, federaciones, confederaciones y uniones de asociaciones de ámbito estatal y todas aquéllas que no desarrollen principalmente sus funciones en el ámbito territorial de una Comunidad Autónoma.
2. En el Registro Nacional de Asociaciones, además de las inscripciones a que se refiere el apartado 1, existirá constancia, mediante comunicación de la Administración competente, de los asientos de inscripción y disolución de las asociaciones, cuya inscripción o depósito de Estatutos en registros especiales sea legalmente obligatorio.
3. El Registro Nacional de Asociaciones llevará un fichero de denominaciones, para evitar la duplicidad o semejanza de éstas, que pueda inducir a error o confusión con la identificación de entidades u organismos preexistentes, incluidos los religiosos inscritos en su correspondiente registro.
4. Reglamentariamente se determinará la estructura y funcionamiento del Registro Nacional de Asociaciones.
Artículo 26. Registros Autonómicos de Asociaciones.
1. En cada Comunidad Autónoma existirá un Registro Autonómico de Asociaciones, que tendrá por objeto la inscripción de las asociaciones que desarrollen principalmente sus funciones en el ámbito territorial de aquéllas.
2. En todo caso, los Registros comprendidos en este artículo deberán comunicar al Registro Nacional de Asociaciones los asientos de inscripción y disolución de las asociaciones de ámbito autonómico.
Artículo 28. Actos inscribibles y depósito de documentación.
1. La inscripción de las asociaciones deberá contener los asientos y sus modificaciones relativos a:
f) La apertura y cierre de delegaciones o establecimientos de la entidad.
Por su parte, en la Comunidad Autónoma de Madrid, para llevarse a efecto la inscripción registral en dicha institución pública, la misma sería obligatoria, siempre que el ámbito de vuestra actividad se desarrolle en el territorio de la Comunidad de Madrid y tengáis el domicilio establecido en dicha Comunidad Autónoma. De lo contrario, no sería exigible, al menos con carácter imperativo. máxime con lo dispuesto en el art. 28. 1.f), antes referido.
-A mayor abundamiento, y para vuestra total certeza y seguridad jurídica, podrías recabar información de las competencias del Registro de Asociaciones en la Comunidad Autónoma de Madrid, en la Vicepresidencia Segunda y Consejería de Justicia y Administración Públicas. D.G. Relaciones con la Administración de Justicia.
Dirección: C/Gran Vía, 18, 3.ª pta. Teléfonos: 900.705.080 91.720.92.31 91.720.91.69
Un cordial saludo.
Rafael Pérez Castillo.
rperezcastillo@gmail.com