¿Estamos exentos de IVA en el pago del alquiler del local que usamos como sede?

La exención de IVA va ligada a la venta o prestación de servicios que vosotros hagáis y únicamente en las actividades que Hacienda permite, no en todas ellas, y los alquileres son una de las actividades que no están exentas de IVA.
Si es posible que quien te alquile el local tenga una exención de IRFP (no de IVA) pero eso te lo ha de demostrar con la carta de Hacienda donde pone que la tiene (normalmente esos son grupos inmobiliarios que tienen mucha cantidad de locales en alquiler). Si no es así, tu factura de alquiler tiene que ser BASE + 21% IVA - 19 % IRPF = TOTAL (ej. 1000+210-190=1020) y deberás hacer la declaración trimestral del IRPF de los alquileres (modelo 115 y anual modelo 180)