¿Es posible registrar el domicilio de nuestra organización en un local que ya está registrado como empresa?

Perfectamente; es igual que utilizar una vivienda particular como domicilio social, viviendo ya una familia en ella.

No existe ningun problema, pero seria conveniente tener un documento firmado por la empres, autorizando el uso a vuestra asociacion

De mi consideración.
María Consolación; respecto del domicilio de las asociaciones, la Ley orgánica 1/2002, de 22 de marzo, reguladora del Derecho de Asociación, establece en su artículo 9, que aquél radique en España, y el el lugar donde lo fijen los Estatutos de la Asociación.
Por tnto, dentro de dichos límites, existe plena libertad de establecimiento del mismo, pero en base a ello deberéis modificar los estatutos en orden al cambio de domicilio, en su caso, que deberá ser aprobado por acuerdo de la Asamblea General convocada a los efectos, e inscribir dicho acuerdo junto con los Estatutos modificados al Registro del órgano de la Administración donde se haya inscrito originariamente la Asociación (Registro Nacional de Asociaciones o Registro Autonómico correspondiente), por ser el domicilio uno de los actos que necesariamente deben inscribirse, según lio establece el artículo 28 del citado Cuerpo legal.
Saludos.
luisbarato@wanadoo.es