¿Es posible la apertura de delegaciones para ONG de ámbito autonómico, fuera de la Comunidad en la que se está registrado?

Creo que en vuestro caso lo más práctico sería modificar los estatutos, haciendo constar vuestra entidad como de ámbito nacional. Deberéis presentar los estatutos modificados con una petición de inscripción de la modificación a la Comunidad de Madrid y también al Ministerio del Interior. Aunque estéis registrados en la comunidad, toda entidad jurídica tiene también un registro en el Ministerio del Interior. Una vez hayáis presentado los estatutos modificados, con la copia de la instancia sellada por el registro del Ministerio del Interior, ya podéis actuar en ámbito nacional. En un tiempo recibiréis un escrito del Ministerio dando conformidad a vuestro cambio de estatutos y de ámbito de actuación. Ese escrito dará fe de vuestra nueva condición como entidad de ámbito nacional. Son trámites que llevan un poco de tiempo, pero relativamente sencillos.