¿Es obligatorio convertir todos los contratos por obra o servicio superiores a dos años a indefinidos?

No, hay que mirar lo que ponga el convenio pues el ET no lo exige. Los contratos de obra propiamente dicho pueden durar hasta que termine la obra y, si estamos hablando de la construcción de un edificio, la duración probablemente sea mayor.
Un saludo,

No tiene porque siempre que sean contratos por obra, la obra no tiene un periodo determinado de duranción

No. Si tú quieres puedes hacerlo pero no es aconsejable.
Saludos

No es necesario que se les transforme a indefinido ya que como bien dice el contrato hasta que no termina la obra o servicio dicho contrato no tendra fin, y la duración de la obra no se puede calcular en ciertos sectores.

No existe ninguna obligación. Lo que la nueva reforma laboral ha dicho es lo siguiente:
“Encadenamiento de sucesivos contratos temporales:
El trabajador que, habiendo suscrito dos o más contratos temporales con la misma empresa, acumule un período de prestación de servicios en el mismo puesto de trabajo superior a 24 meses dentro de un plazo de 30 meses contratados, adquirirá la condición de trabajador indefinido. Esta norma no es de aplicación para los contratos formativos, de relevo o interinidad.”
Un contrato por obra entendemos que va a realizarse para una tarea especifica que se detalla cada vez en el contrato, en vuestro caso, para las subvenciones que se os concedan cada año, por lo que en un principio cada tarea se podría considerar como un puesto de trabajo distinto cada vez ya que va a ser para una obra distinta, a lo que no habría en este caso que aplicar esta ley. Pero quizás sería necesario saber más datos de las funciones de ese puesto de trabajo en cada momento, por si un juez podría considerar que se incumple la ley.
De cualquier modo, no teneis ningún tipo de obligación en ningún momento y, en cualquier caso, el problema lo podríais tener si el trabajador os demandase por esta causa, obligándoos el juez a transformar el contrato a indefinido.
Si que es cierto que a partir del 1 de enero próximo ya no van a tener bonificaciones las transformaciones de este tipo de contratos a indefinidos y que los costes de Seguridad Social para la empresa son un poco más elevados en este tipo de contratación, por lo que podeis ver si en algún caso os podría ser más rentable hacer esta transformación (800€ anuales durante 3 años).