¿Es correcta la acción del Ayuntamiento respecto a una subvención concedida?

En principio parece lógico que una administración pública no subvencione un gasto no efectuado dentro de un programa o actividad concreta; para eso precisamente (y para otras cosas) se exige presentar una justificación.
Por tanto, entiendo quesu actuación es plenamente correcta.

Estoy de acuerdo con los comentarios anteriores, hay que ajustar muy bien los presupuestos para no llevarse después “sorpresas desagradables” como puede haber sido vuestro caso. En la resolución de la subvención o en la normativa municipal que la convocó os indicarían los requisitos, y si exigían presentar los gastos realizados efectivamente y sus pagos, no os queda más remedio que hacerlo así, si fue menor la cantidad presentada os la descontarán. No obstante comprobad la normativa por la que se rige vuestra subvención y la resolución que os notificaron con su aprobación.
Respecto a tu pregunta de subvención directa e indirecta, no sé si te refieres a que en algunos supuestos las administraciones dan ayudas o subvenciones directamente a determinadas entidades para realizar un proyecto, en este caso se trata como su nombre indica de subvención directa. En cambio puede haber algún tipo de ayuda o subvención por ejemplo para intereses de un préstamo que las administraciones públicas conceden y que en vez de cobrar todos los intereses solo cobran un porcentaje menor o no cobran nada por disponer de ese dinero prestado. O también a veces se refiere a alguna exención de pago de algún tributo o bonificación para pagar menos importe.
No sé si te refieres a esto o a que en algunas de las subvenciones permiten o se contempla que se impute un % de gasto que denominan indirecto al proyecto concreto objeto de subvención y que no es gasto directo para su ejecución, por ejemplo un % de consumo de electricidad donde se realicen las actividades de gestión de la misma.
Un saludo,