El real decreto 56/2016 referente a las auditorías energéticas que deben pasar las grandes empresas, ¿afecta a las ONG si tenemos más de 250 empleados?

Hola Mila.
el rd dice lo siguiente:

Artículo 2. Ámbito de aplicación.
1. Este capítulo será de aplicación a aquellas empresas que tengan la consideración de grandes empresas, entendiendo por tales tanto las que ocupen al menos a 250 personas como las que, aun sin cumplir dicho requisito, tengan un volumen de negocio que exceda de 50 millones de euros y, a la par, un balance general que exceda de 43 millones de euros. De igual modo, será también de aplicación a los grupos de sociedades, definidos según lo establecido en el artículo 42 del Código de Comercio, que, teniendo en cuenta las magnitudes agregadas de todas las sociedades que forman el grupo consolidado, cumplan los referidos requisitos de gran empresa
2. Quedan excluidas del ámbito de aplicación, las microempresas, pequeñas y medianas empresas (PYMES), de acuerdo con el título I del anexo de la Recomendación 2003/361/CE de la Comisión, de 6 de mayo de 2003, sobre la definición de microempresas, pequeñas y medianas empresas.

Por lo que teneis que consultar si teneis consideración de GRAN EMPRESA.
Hablad con vuestro gestor contable a ver que os indica.
Saludos