¿Cuál sería la fórmula para poder inscribirnos en el registro de una Comunidad Autónoma en la que tenemos una delegación?

Como delegación de una entidad de ámbito supra-autonómico, no pueden inscribirse en un registro de comunidad autónoma.
Lo que corresponde es aprobar de acuerdo a sus estatutos al apertura de una nueva delegación, y notificárselo al Registro Nacional de Asociaciones (con copia del acta).
Éste a su vez deberá notificárselo al Registro de la Comunidad Autónoma que corresponda. Si no se lo dan (suelen darlo), pidan certificación de la inscripción de dicha delegación a ambos registros.
Con eso cumplen ante la ley.
A veces ocurre, que las administraciones locales, desconocen esas inscripciones incluso en la asignación de recursos. Pese a que rara vez esa “discriminación” tiene base jurídica, habitualmente las organizaciones de ámbito nacional, para evitar problemas, suelen desarrollar la estrategia de duplicarse jurídicamente y constituir una nueva asociación de ámbito local, con la consiguiente carga de trabajo organizativo y administrativo.
Mi consejo, es que recurran a duplicarse únicamente como último recurso.

De acuerdo con mi compañero Alvaro. La transmisión de datos entre los distintos registros estatales y autonómicos viene regulada en el Reglamento del Registro Nacional de Asociaciones y de sus relaciones con los restantes registros.

Esta respuesta no es vinculante.-