¿Cómo y donde podemos reclamar una situación injusta que nuestro Ayuntamiento comente con las subvenciones que concede?

Los ayuntamientos tienen autonomía para distribuir su presupuesto, siempre y cuando haya transparencia.
Si las reglas son claras, y el ayuntamiento quiere exigir tan sólo un ámbito geográfico de actuación en vez de delegación abierta en el municipio o la inscripción en un Registro Municipal de Asociaciones, tiene libertad para decidirlo.
Por otra parte, para obtener un CIF, es necesario contar con una personería jurídica, por lo que entiendo que las asociaciones que cuentan con uno, están debidamente inscritas.

Hola Juan Carlos;
La entidad local es administración autónoma pra la gestión de las partidas de su presupuesto. La convocatoria de ayudas establece los requisitos de personalidad jurídica de los solicitantes, en ese caso el Ayuntamiento entiende que el CIF acredita la adquisición de esa personalidad ya que es posterior a alta en el Registro de Asociaciones, esta inscripción es requisito declarativo de publicidad pero no es constitutivo (artículos 5 y 10 Ley Orgánica 1/2002, reguladora del Derecho de Asociación).
La actuación del Ayuntamiento no va contra ningún precepto, te puede parecer injusta, como dices, porque vuestra situación documental será la más completa, pero se ajusta a la Ley.
Un saludo

Entiendo que en vuestro caso lo que procede es que manifestéis vuestra queja, haciendo las consideraciones y recomendaciones que consideréis oportunas, al Ayuntamiento, bien dirigida al Alcalde o, incluso, pidiendo que se trate la cuestión en sesión plenaria (reunión de todos los concejales del Ayuntamiento).

Juan González Martín-Palomino.
juan@gonzalezpalomino.com