¿Cómo reflejamos el IVA de una factura de importe negativo en la declaración trimestral de IVA?

Estimada Sara, mi criterio es el siguiente: La declaración del IVA trimestral es la diferencia entre el IVA repercutido y el IVA soportado. Por tanto, al contabilizar esa factura rectificativa que comentas, harás un apunte en el debe de la cuenta de IVA repercutido con cargo también a una cuenta de Ingresos ( 708) devoluciones de ventas y operaciones similares” abonando al cliente. Un ejemplo sencillo:
Si la factura rectificativa es de 100 + IVA el apunte será:

16 IVA repercutido
100 (708) devoluciones de ventas a (430) Clientes 116.

Por tanto, ese menor IVA repercutido será menor importe a ingresar en la Hacienda Pública y restará el importe del resto de los que has emitido por facturas normales.

Por tanto, tu declaración de IVA (modelo 303) quedará por el importe neto de las facturas emitidas y las facturas rectificativas.
A lo que tendrás que restar el IVA soportado.

Incluso es posible que la base imponible del IVA repercutido sea negativa, por lo que en este caso, tendrás menos IVA repercutido que soportado, por lo que podrás, si así lo solicitas, la devolución del IVA ingresado de más en periodos anteriores.

Espero haberte ayudado.
Saludos
Javier Marco