¿Cómo podríamos inscribirnos en el Registro de la Comunidad de Madrid estando ya inscritos en el Registro Nacional del Ministerio del Interior?

Es una dificultad bastante generalizada.

Pero también se puede dar a la inversa: así, recientemente hubo polémica por que se estaba planteando que las subvenciones del gobierno central con cargo al % del IRPF, se destinaran exclusivamente a organizaciones de ámbito supra-autonómico.

Así que no es de extrañar, que se den casos, en los que las autoridades autonómicas o locales priman a las organizaciones que se circunscriben a su ámbito de acción.
Unas veces basta con tener delegación abierta, reconocida. Sin embargo, no es inusual que se exija en algunas subvenciones de la administración periférica independientemente de lo que diga la convocatoria correspondiente el estar inscrito en el registro autonómico de asociaciones. A no ser que la convocatoria lo explicite, es cuestionable, que una delegación reconocida de una asociación de ámbito estatal no tenga el mismo trato que una delegación de una asociación de ámbito autonómico. Pero se dan casos.
En ese sentido, y puesto que como delegación de una entidad de ámbito supra-autonómico, no pueden inscribirse en un registro de comunidad autónoma, habitualmente las organizaciones de ámbito nacional, para evitar problemas, suelen desarrollar la estrategia de duplicarse jurídicamente y constituir una nueva asociación de ámbito local, con la consiguiente carga de trabajo organizativo y administrativo. Por lo que en la práctica se acaban convirtiendo en federaciones. Mi consejo, es que recurran a duplicarse únicamente como último recurso.

Existe otra posibilidad, pero que no es infalible: cuando ustedes abrieron su delegación o la sede en Madrid, tuvieron que aprobarlo de acuerdo a sus estatutos, y notificándoselo en su momento al Registro Nacional de Asociaciones.
Éste a su vez debió notificárselo al Registro de la Comunidad Autónoma Art. 52.c del Reglamento del Registro Nacional de Asociaciones y de sus relaciones con los restantes registros de asociaciones RD 1497/2003 “El Registro Nacional de Asociaciones comunicará al registro autonómico de asociaciones que corresponda el establecimiento o apertura de delegaciones dentro de su territorio por asociaciones de ámbito estatal, supraestatal o internacional.”
Soliciten un certificado (si es que no se lo dieron en el momento de la inscripción) al Registro Nacional. Si este certificado no es aceptado en la concesión de subvenciones, indaguen en el registro autonómico, si le fue notificado por parte del registro nacional, la apertura de su delegación o sede. Si es así, solicítenle al registro autonómico una certificación de que tienen constancia oficial de la existencia de dicha sede. Un certificado emitido por el propio registro autonómico, según qué tipo de subvenciones, debería facilitar los trámites.

Un saludo y suerte