Aunque los socios de las distintas Comunidades Autónomas se reúnan en asamblea, entiendo que solamente la Asamblea General tiene valor legal. ¿Es así?

La asociación es una única persona jurídica, y como tal, debe celebrar la Asamblea General en el lugar donde indique la convocatoria (me estoy refiriendo a espacio físico), que puede coincidir con el domicilio social o no. De su pregunta no me queda claro cómo es la composición de su entidad. No se si se trata de una Federación de Asociaciones (y cada ´CCAA tiene su propia asociación), o si por el contrario está refiriéndose a una asociación que tiene varias delegaciones abiertas. En este último caso, por supuesto que la Asamblea General es única, independientemente que para asuntos meramente organizativos las delegaciones se reunan cuando estimen conviente, según venga recogido en los Estatutos, y únicamente para tratar los asuntos internos que tengan delegados, pero nunca los asuntos propios de Asamblea General (como puede ser aprobación de cuentas, nombramiento de Junta directiva, reforma de estatutuos, etc…). Si nos concretan más su pregunta, podremos darle una respuesta más satisfactoria.