Prorrata y obligación de declaración

Hola,
si me pudieran ayudar, somos una Fundación a la que desde siempre se le ha aplicado la prorrata general, se ha calculado e ingresado el IVA correspondiente en hacienda pero sin embargo no está declarada la prorrata, ni se indica en ningún lado el porcentaje aplicado.
¿Hay obligación de especificarlo o de darse de alta en el 036?

Gracias