Pagamos a un autónomo con un recibí por un curso que impartió ¿Puede él o nosotros tener problemas?

Hola,

Erróneamente pagamos a un autónomo con un recibí por un curso, en lugar de hacerle factura y nos preguntábamos si tal situación
le podría ocasionar problemas a él o a nosotros. Por otro lado, ¿cómo debería esta persona hacer constar este hecho en su declaración?

Muchas gracias por su ayuda