Nos han concedido una ayuda CAP y aún no estamos inscritos en la AECID, ¿el personal expatriado tiene que acogerse al estatuto del cooperante?

Creo, que la pregunta que planteas no es adecuada.

El Estatuto de los Cooperantes, sólo se aplica a personas físicas y jurídicas que cumplen una serie de requisitos. No significa, que quien no los reúne, no es cooperante, sino que no lo es a efectos de dicho Estatuto.
Así, como en vuestro caso no cumplís con la condición de que “estén debidamente inscritas en el correspondiente registro de la Agencia Española de Cooperación Internacional, regulado mediante el Real Decreto 993/1999, de 11 de junio.”, éste no os obliga.

Sin embargo, el Estatuto se aprueba precisamente para acabar con la precariedad en la cooperación, dónde durante décadas se ha abusado de la buena voluntad de los cooperantes.
No deberíais escudaros en un tecnicismo para negar garantías y beneficios de vuestros trabajadores. Sería un error, y es especialmente doloroso, si además sois beneficiarios de una CAP de AECID.