Factura emitida con IVA

Buenos días,
Somos una entidad de carácter social acogidos al art.20 de la ley 37/1992, por lo que nuestras facturas de la actividad principal están exentas de IVA.
Hemos tenido que alquilar un aula para un curso de formación y nos han pedido que les emitamos una factura con IVA.
¿Cómo ingresamos después ese IVA en hacienda, si nunca hemos presentado el modelo 303? ¿podríamos ingresarlo a través del modelo 309 al tratarse de un ingreso puntual?
Muchas gracias.