En este contrato de formación, ¿cómo podemos regularizar los días de vacaciones que ha disfrutado de más?

Hola:
Hemos desarrollando un programa denominado “Joven Ocúpate” en el que los alumnos/trabajadores tienen un contrato de formación, modelo 421, hasta el 14/12/2017. Ya que con este programa consiguen un certificado de profesionalidad, las vacaciones las han disfrutado todos en el mismo momento el pasado mes de agosto.

Uno de los trabajadores ha comenzado su baja por enfermedad el 25/09/2017 y, como no tiene 180 días cotizados, no tiene derecho a percibir prestación alguna. Ahora el trabajador ha solicitado la baja voluntaria y, al producirse antes de la finalización del contrato, ha disfrutado 3 días de vacaciones de más.
Al ser su nómina 0 euros, ya que tampoco tiene derecho a indemnización, ¿cómo podemos regularizar esos 3 días de vacaciones disfrutados de más?

Muchas gracias de antemano