Importes cobrados por nosotros pero facturados por otra Entidad

Por motivos muy largos de explicar, nos hemos visto obligados a facturar a través de una Entidad amiga, servicios que hemos prestado nosotros y que, de hecho, hemos cobrado nosotros. Así que tenemos un problema contable en ambas entidades. Además nosotros estamos exentos de IVA, y la otra Entidad no.

Por más que le doy vueltas no sé cómo solucionarlo de forma correcta. Nosotros tenemos ingresos sin justificar, y la otra Entidad facturas impagadas. Y nosotros no podemos pagarles porque el dinero es nuestro.

Estamos hechos un lío.

Además tenemos el mismo problema con una subvención. La gestionaron ellos y la hemos cobrado nosotros porque es para un proyecto nuestro.

No sé si he sido capaz de explicarme de forma clara. ¿Me podría ayudar alguien?

Gracias por anticipado.

Salud.